Najvážnejším nedostatkom pôvodného návrhu XB-35 boli slabé piestové motory. Northrop sa to ešte pokúsil vyriešiť návrhom inštalácie výkonnejších turbovrtuľových motorov, avšak s touto modifikáciou neuspel. 1. júna 1945 bolo rozhodnuté vybaviť dva postavené stroje (102367 a 102368) ôsmimi prúdovými motormi Allison J35-A-5, každý s ťahom 17,8 kN. Tieto lietadlá následne dostali označenie YB-35B, čoskoro zmenené na YB-49. Okrem toho dostali okolo každej štvorice motorov vertikálne chvostové plochy, pokračujúce symetricky až pod krídlo. Úpravy trvali dva roky a prvý stroj YB-49 sa vzniesol do vzduchu 21. októbra 1949. Prúdové motory síce dokázali zvýšiť maximálnu rýchlosť zhruba o 200 km/h a eliminovať väčšinu vibrácií, ale na druhej strane ich veľká spotreba paliva výrazne obmedzovala dolet aj užitočné zaťaženie. Rovnako sa zistilo, že problémy so stabilitou sa nebudú dať vyriešiť s pomocou vtedajších technológií. Na bombardovacie úlohy to však stačilo. Výzbroj mali tvoriť dva 12,7 mm guľomety a 16 965 kg bômb na krátke vzdialenosti. Pri dolete 4500 km sa bombový náklad výrazne zredukoval len na 4536 kg. Maximálna vzletová hmotnosť činila 96 617 kg. Vývojový program dostal tvrdú ranu v podobe tragickej havárie pri jednom skúšobnom lete. Druhý prototyp sa vinou štrukturálneho zlyhania zrútil na dno vyschnutého jazera, pričom zabil celú posádku, vrátane druhého pilota kapitána Glenna Edwardsa, po ktorom bola pomenovaná letecká základňa Muroc Dry Lake/Edwards AFB. Ani prvému prototypu sa nedarilo najlepšie, počas vysokorýchlostných rolovacích testov mu skolaboval predný podvozok a lietadlo sa rozlomilo na dve polovice. Najzávažnejším problémom však bola silná turbulencia okolo bombovníc, ktorá spôsobovala veľkú kruhovú odchýlku pri bombardovaní. Všetky tieto skutočnosti nakoniec v roku 1949 zapríčinili zrušenie celého programu.

Na začiatku roka 1948 sa Northrop pokúsil oživiť záujem o YB-49 jeho modifikáciou na osemdesiatmiestne prúdové dopravné lietadlo Airliner. Špecialitou tohto návrhu bola zasklená nábežná hrana, ktorá mohla poskytnúť pasažierom nerušený pohľad do priestoru. Projekt bohužiaľ nedospel ďalej než do štádia makety.

Poslednou nádejou pre Northropa bol záujem letectva o prieskumné letadlo, koncepčne vychádzajúce z YB-49. Vďaka svojmu doletu, dostupu a zníženej zachytiteľnosti radarom sa YB-49 javil ako ideálna platforma na zástavbu prieskumného vybavenia. Prestavbu mal podstúpiť desiaty vyrobený YB-35 sériového čísla 42-102376. Väčšina modifikácií bola zhodná s typom YB-49, prototyp však dostal len šesť motorov Allison J35-A-19 – dva páry boli zabudované do krídla a zvyšné dva boli umiestnené na pylónoch pod krídlom. Toto riešenie zvýšilo vnútornú zásobu pohonných látok a súčasne zlepšilo smerovú stabilitu. Výška lietadla sa zvýšila z pôvodnej hodnoty 4,63 metra na 6,12 metra. Okrem prieskumného vybavenia malo byť v lietadle umiestnených aj šesť zábleskových bômb T-89. Pôvodne bolo objednaných 30 lietadiel YRB-49, avšak po zastavení projektu YB-49 postihol rovnaký osud aj prieskumnú verziu. Napriek tomu sa ešte našli financie na uskutočnenie trinástich skúšobných letov. YRB-49 po ich absolvovaní odstavili a neskôr bol, podobne ako všetky zostávajúce stroje YB-35 a YB-49 zošrotovaný.