Bezpilotné prieskumné lietadlo D-21 vzniklo ako reakcia
na zastavenie letov U-2 po zostrelení Garryho Powersa. Nixonove dohody si vynútili zastavenie prieskumných misií
s ľudskou posádkou nad krajinami, ako Rusko alebo Čína. V tejto
situácii bol bezpilotný stroj považovaný za legitímny, aj keď dosť sporný
prostriedok, ako tieto dohody obísť. Prakticky už od začiatku vývoja A-12 sa
zvažovala možnosť jeho prestavby na bezpilotný stroj, avšak vďaka jeho
komplikovanosti a veľkosti sa od toho upustilo. Pri niekoľkých
príležitostiach konštruktéri navrhli aj vypustenie lietadla QF-104 z upraveného
A-12. CIA o tento nápad nikdy neprejavila záujem, ale aj napriek tomu
udelila Lockheedu v roku 1962 splnomocnenie na štúdie, týkajúce sa vývoja
bezpilotného prieskumného prostriedku. V pomerne krátkom čase bola zvolená
osvedčená koncepcia deltakrídla s prechodmi vybiehajúcimi z nábežnej
hrany smerom vpred. Predbežné špecifikácie stroja, interne označovaného Q-12,
požadovali fotografické rozlíšenie 15 cm, dolet 5560 km a nosnosť 193 kg
pre fotokameru. Maketa v skutočnej veľkosti bola dokončená 7. decembra.
Vďaka svojim antiradarovým vlastnostiam (svetlé časti na fotografii sú z ocele a tmavé z kompozitových materiálov) mohla byť hneď použitá na meranie radarového prierezu. Práce pokračovali aj na motore Marquardt RJ43-MA-3 Bomarc, ktorý sa podrobil skúškam v aerodynamickom tuneli, ktoré simulovali prevádzkové podmienky Q-12. Pri nich sa zistilo, že motor môže byť vypnutý až na 45 sekúnd a vďaka svojim horúcim súčastiam môže byť aj po tejto dobe opätovne spustený. 20. marca 1963 podpísali zástupcovia Skunk Works oficiálnu zmluvu s CIA, podľa ktorej zodpovedajú za navigačný systém, drak a náporové motory. Rozsiahlejšie úpravy draku zapríčinili, že sa do priestoru pre užitočné zaťaženie nevošla pôvodná kamera Hycon, tá však bola úspešne prekonštruovaná. Koncom októbra sa už ustálila konečná konfigurácia Q-12, rovnako aj vypúšťacie zariadenie a úpravy budúceho materského lietadla A-12.
Nosný stroj A-12 dostal neobvyklé označenie M-21, kde M znamenalo „Mother“ (matka) a číslo 21 vzniklo prehodením číslic 12. Súčasne bolo rozhodnuté Q-12 premenovať na D-21 - D znamenalo Daughter (dcéra). Súčasne s prácami D-21 prebiehala i výroba M-21. Na trup bol namontovaný jednoduchý pylón s nízkym aerodynamickým odporom, avšak dostatočne pevný na to, aby udržal päťtonové bezpilotné lietadlo aj pri rýchlosti Mach 3. Zároveň bol vybavený sériou zámkov, zariadením pre núzové pneumatické odhodenie a palivovým vedením pre dopĺňanie paliva tesne pred vypustením. D-21 sa mal oddeliť pri miernom klesavom lete. 19. júna 1964 bol na materský stroj M-21 výrobného čisla 134 pripevnený prvý exemplár D-21 č. 501.
22. decembra táto zostava uskutočnila prvý úspešný
skúšobný let, zatiaľ bez oddelenia D-21.
Testy systému, ktorý dostal krycie meno Tagboard, pokračovali ďalej aj
napriek problémom s dosiahnutím požadovanej rýchlosti a doletu. Prvé lety
absolvoval prototyp s rozbitnými kužeľovými krytmi pred vstupným kanálom
vzduchu a na tryske. Keď sa však zistilo, že úlomky vnikajú do motora
a zároveň vážne poškodzujú nábežnú hranu, upustilo sa od ich použitia.
Namiesto toho slúžil náporový motor ako tretia pohonná jednotka.
Ten sa spúšťal pri rýchlosti Mach 1,24 pričom tesne pred
oddelením bol dotankovaný prečerpaním paliva z M-21. Prvé úspešné
oddelenie sa uskutočnilo pod rúškom noci 5. marca 1966 pri lete zo základne
Beale AFB. Druhý pokus nasledoval 27. apríla. Bezpilotný prostriedok po
oddelení vystúpal do výšky 27 kilometrov, dosiahol rýchlosť Mach 3, avšak potom
spadol kvôli požiaru hydraulického čerpadla.
16. júna bol úspešne vypustený tretí stroj, ktorý
preletel 2965 km, vykonal 8 naprogramovaných zmien kurzu ale koniec letu
pokazila elektronická porucha, ktorá znemožnila odhodenie fotografického
púzdra. D-21 bol totiž konštruovaný pre jedno použitie, takže po lete sa od
neho mala vo výške 18 300 metrov a rýchlosti Mach 1,67 oddeliť plošina
s fotokamerou a drahým navigačným systémom.
Štvrtý let v júli 1966 skončil katastrofou. Druhý
M-21 pilotovaný Billom Parkom a Rayom Torickom bol zničený nad Tichým oceánom
v oblasti Point Mugu v Kalifornii, keď sa D-21 výrobného čísla 504
niekoľko sekúnd po oddelení zrazil s nosným lietadlom. Stroju M-21 sa pri
rýchlosti Mach 3,25 prudko zdvihol nos a rozlomil sa na dva kusy. Park
a Torick sa katapultovali, ale než dorazil záchranný vrtuľník, Torick sa
utopil, pretože mu do obleku vnikla voda. Park bol po hodine nájdený 240 km od
pobrežia. Po nehode sa dospelo k záveru, že vypustenie stroja veľkosti
D-21 pri rýchlosti Mach 3 sa dá z bezpečnostného hľadiska ospravedlniť len
ťažko a tak bola všetka pozornosť sústredená na modifikáciu D-21 pre
vypustenie z upraveného Boeingu B-52. Ale to je už iná kapitola. Celkovo bolo vyrobených šesť lietadiel verzie D-21,
prvý stroj č. 501 bol zničený pri náhodnom uvoľnení z M-21 a stroj č.
502 bol upravený na štandard D-21B.